تنقسم الهيكلة الإدارية في المعهد إلى خمس هيئات، وهذا بيانها:

الأولى: عمادة المعهد القرآني العالي: وهي الجهة العليا المسئولة عن العمل علميًّا وإداريًّا، وتسعى لتلبيَّة ما يحتاجه العمل بالمعهد من قرارات وقوانين، ومعالجة السلبيَّات، وتنميَّة الإيجابيَّات، وتطوير البيئة التعليميَّة من خلال مستجدَّات العمل.

الثانية: إدارة المجموعات العامة: وهي الجهة المسئولة عن متابعة المجموعات، ورعاية تنفيذ المنهجيَّة، ورفع التقارير للجهة الأعلى، وإصدار القرارات في نطاق إداراتهم، والتَّرقِّي بالمجموعات من خلال الاقتراحات والعمل على تنفيذها، ويُخصَّص لكل مجموعة عامة مديرٌ، ويندرج تحت رايته مجموعات خاصة، كل مجموعة تتكوَّن من معلم وعددٍ من الحفَّاظ يتفاوت عددهم تبعًا لفراغ المعلم، ووفرة الطلاب، ومن مديري المجموعات يتكوَّن مجلس إدارة المعهد، برئاسة عميد المعهد، وعضويَّة جميع المديرين، وللمجلس صلاحيَّات واهتمامات ومهام.

الثالثة: الإشراف العلمي بالمجموعات: وهي الجهة المعاونة لمديري المجموعات في تسيير أمورها ومتابعتها، ولها اختصاصات ومهام لا تتعارض مع مهام المدير، وإنما تتكامل الجهود في المتابعة، فلا تخلو حلقة من مدير أو مشرف تعليمي، مع متابعة التقارير، والأقران، والحلقات ميدانيًّا، ويتم اصطفاء المشرفين من أنبغ المعلمين، وأفضل المشاركين من أصحاب الخبرات والكفاءات التعليميَّة والإداريَّة، ولكل مدير مجموعة عامة مشرف علمي يعمل تحت رايته، ويتناوب مع المدير في المرور والمتابعة.

الرابعة: المعلمون بالمجموعات: وهي الجهة المسئولة عن التعليم في الحلقات، وتنفيذ المنهجيَّة النظريَّة وتحويلها إلى واقع ميداني، ويتم اختيارهم من أفضل الحفظة من أصحاب الخبرة في مجال التعليم القرآني، أو من خريجي المعهد القرآني العالي بعد تدريبهم وإعدادهم إعدادًا علميًّا وعمليًّا، ويُسند لكل معلِّم من يتناسب مع سنِّه، ووقته، ويُطالب بساعة مع كل طالب، ويرفع التقارير للإشراف العلمي عن منجزات الحلقة يوميًّا، ويمر عليه الإشراف والإدارة كل يوم للمتابعة الميدانيَّة.

الخامسة: الحفاظ المشاركون: وهم الراغبون في الحفظ من الطلاب، ويُشترط فيهم تحقُّق الرغبة، وكمال الإرادة، والجديَّة في المتابعة، والاستمراريَّة في الحضور، والترقي في التحصيل، ويُخصَّص لكل طالب ساعة يوميًّا على مدار خمسة أيام أسبوعيًّا، وتنفَّذ عليه المنهجيَّة المقرَّرة؛ للوصول به إلى حفظ كامل القرآن الكريم، وهم المعتنى بهم من كلِّ الهيئات السابقة.